به منظور تخمین دقیق تابع هدف، مدلسازی آب های زیرزمینی با MODFLOW و سایر کدها به صورت مدلسازی معکوس تعریف می شود که در آن پارامترهای کلیدی از طریق مقایسه نتایج مدل با داده های مشاهده شده محاسبه می شود. این فرایند مقایسه طولانی است، استفاده از معیارهای پذیرش و تحلیل روند متاثر شرایط مرزی است.