کیفیت منابع آبی آب بسته بندی و مدیریت و کنترل آن به عوامل طبیعی و غیرطبیعی مختلفی مانند شرایط آب و هوایی، کاربری اراضی، رودخانه ها و یا دریاچه هایی که تغذیه کننده منابع آب بسته بندی هستند، بستگی دارد. در صورت آسیب دیدن و آلوده شدن این منابع، ترمیم آن پرهزینه و زمان بر است. در این میان، وضعیت منابع آب بسته بندی که منشا زیرزمینی دارند از جهاتی پیچیده تر است. برخی از این پیچیدگی ها با مسایل مدیریت کیفی منابع آب سطحی مشترک است و برخی متفاوت هستند. برای نمونه می توان اشاره کرد که آب زیرزمینی برخلاف آب سطحی به سمت یک نقطه مشخصی جریان ندارد که بتوان با در نظر گرفتن ویژگی ها ی توپوگرافی، هیدرولوژیکی و کاربری اراضی حوضه آبریز، فرایندها و اندرکنش آن ها را به صورت مستقیم تحلیل کرد و آن را به راحتی مدیریت کرد. جریان آب زیرزمینی به توپوگرافی منطقه (کوهستانی، تپه ماهوری و یا مسطح)، مشخصات سفره آب زیرزمینی (تحت فشار و یا آزاد، جنس و نوع لایه ها و سایر مشخصات سفره)، منابع تغذیه آب زیرزمینی (بارش، نفوذ آب آبیاری، نفوذ از بستر رودخانه ها ، دریاچه ها، و کانال ها)، و سیاست های بهره برداری از دیگر منابع آبی بستگی دارد. به این دلیل، بهترین راهکار مدیریت منابع آب بسته بندی، پیشگیری از آسیب دیدن و آلوده شدن آن از طریق تعیین حریم کیفی آن ها و اعمال سیاست های بازدارنده بر پایه مدیریت کاربری اراضی است.